1. Ngày 21 tháng 1 năm 2009 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 120/QĐ-TTg “Về việc phê duyệt Dự án tổng thể quy hoạch tổng thể đầu tư phát triển Vườn Quốc gia Côn Đảo, tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu đến năm 2020”. Quyết định ra đời mới mục đích là bảo tồn đa dạng sinh học, cảnh quan tự nhiên và phát huy các giá trị của Vườn Quốc gia để thực hiện chức năng của một khu rừng Đặc dụng theo quy định của Luật Bảo vệ và Phát triển rừng và Luật Đa dạng sinh học nhằm góp phần xây dựng Côn Đảo trở thành một địa điểm du lịch và dịch vụ, đặc biệt là du lịch sinh thái có chất lượng cao, có tầm quốc gia và quốc tế, phục vụ phát triển kinh tế, xã hội của huyện Côn Đảo theo Quyết định số 264/2005/QĐ-TTg, ngày 25 tháng 10 năm 2005 của Thủ tướng Chính phủ.
2. Tháng 9 năm 2009, Dự án Bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học biển và ven biển Côn Đảo do Quỹ Môi trường toàn cầu (GEF) và Tổ chức phát triển Quốc tế Đan Mạch (DANIDA) tài trợ, thực hiện trong 3 năm (2006 – 2009), đã kết thúc. Đây là một dự án bảo tồn thiên nhiên được quốc tế tài trợ lớn nhất từ trước đến nay được triển khai tại Côn Đảo. Đại diện lãnh đạo của Tổ chức phát triển Liên Hiệp Quốc (UNDP) tại Việt Nam, Quỹ Quốc tế Bảo vệ thiên nhiên (WWF), Chính quyền địa phương đánh giá
dự án đã đạt được các mục tiêu ban đầu đầu đề ra là: Bảo vệ đa dạng sinh học biển và ven biển có ý nghĩa toàn cầu ở khu vực Côn Đảo; Tăng cường quản lý đa dạng sinh học biển và ven biển ở Côn Đảo có sự tham gia của cộng đồng địa phương, kết hợp giữa bảo tồn đa dạng sinh học và phát triển kinh tế; Đảm bảo bảo tồn bền vững đa dạng sinh học biển và ven biển ở khu vực Côn Đảo nhờ có sự hổ trợ của hoạt động du lịch sinh thái.
3. Không xảy ra cháy rừng trên địa bàn huyện Côn Đảo, điều này góp phần đảm bảo diện tích rừng không bị thu hẹp và đa dạng sinh học rừng được bảo tồn.
4. Lần đầu tiên tại Việt Nam, hai loài cây thân gỗ rừng ngập mặn thực sự được phát hiện tại Đầm Quốc – Côn Đảo, đó là loài Vẹt hainesii (Bruguiera hainesii C.G. Rogers) và Xu rumphii (Xylocarpus rumphii (Kostel) Mabb), điều này có thể khẳng định tài nguyên sinh vật tại Côn Đảo còn nhiều loài mới chưa được phát hiện.
5. Đã phát hiện cây Cóc đỏ (Lumnitzera littorea (Jack) Voigt) cổ thụ có đường kính gốc 100 cm tại rừng Ngập mặn Côn Đảo. Cóc đỏ là loài có tên trong sách đỏ, đang được ưu tiên bảo vệ, theo các chuyên gia về rừng ngập mặn của Nhật Bản và của trường Đại học Nông – Lâm thành phố Hồ Chí Minh thì có thể đây là cây Cóc đỏ lớn nhất Việt Nam
6. Lần đầu tiên tại Côn Đảo các cán bộ khoa học của Ban Quản lý Vườn Quốc gia phối hợp cùng 20 ngư dân địa phương đã trồng phục hồi San hô với quy mô lớn, diện tích san hô được trồng là 40 ha với 52.000 cành, sau 6 tháng kết quả kiểm tra cho thấy san hô sống đạt trên 80%. Thành công từ dự án trồng san hô là nâng cao nhận thức của ngư dân địa phương về bảo tồn đa dạng sinh học biển, phục hồi các rạn san hô bị chết do các tai biến thiên nhiên và tập huấn, nâng cao kỹ năng, kinh nghiệm trồng san hô cho ngư dân để tiếp tục thực hiện các dự án tiếp theo.
7. 1.281 tổ rùa biển đã được đẻ an toàn trên các bãi biển Côn Đảo và 117.000 rùa con được thả về biển, đây là năm có số tổ trứng rùa đẻ và số rùa con thả về biển cao nhất từ trước đến nay. Các số liệu trên là tín hiệu tốt đẹp cho công tác bảo tồn rùa tại Côn Đảo.
8. Ban quản lý Vườn Quốc gia Côn Đảo phối hợp cùng Phân viện Khoa học Lâm nghiệp Nam bô đã thực hiện đề tài cấp bộ “Nghiên cứu và thử nghiệm kỹ thuật tạo giống một số cây rừng ngập mặn để phục vụ trồng rừng một số đảo ven bờ Côn Đảo”. Thành công của đề tài sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho việc mở rộng diện tích rừng ngập mặn trên nền cát, san hô chết, đá tại Côn Đảo nhằm ứng phó với biến đối khí hậu theo đề án bảo vệ môi trường Côn Đảo đến năm 2030.
9. Hệ thống phao ranh giới giữa các phân khu chức năng bảo tồn biển và hệ thống phao neo tàu du lịch tại các rạn san hô đã được xác lập. Hệ thống phao ranh giới, phao neo sẽ tạo điều kiện cho việc quản lý, bảo tồn đa dạng sinh học biển được thuận lợi hơn, các tàu du lịch sẽ có nơi neo, đậu tránh thả neo trực tiếp lên rạn san hô, thảm cỏ biển.
10. Ngày 28 tháng 10 năm 2009, UBND tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu đã ban hành Quyết định số 74/2009/QĐ-UBND “V/v phê duyệt đề án và thành lập Quỹ bảo tồn và phát triển tài nguyên thiên nhiên Vườn Quốc gia Côn Đảo”. Quỹ ra đời và đi vào hoạt động nhằm giúp cho cộng đồng dân cư, các tổ chức bảo tồn thực hiện các dự án bảo tồn đa dạng sinh học, dịch vụ du lịch sinh thái hoặc các phương án phát triển sản xuất tạo thu nhập từ ngành nghề ổn định, giảm thiểu khai thác tài nguyên đa dạng sinh học.
