Bảo vệ Tài nguyên thiên nhiên – Môi trường là nhiệm vụ trọng tâm của Vườn quốc gia Côn Đảo vì vậy công tác này luôn được đặt lên hàng đầu. Hệ thống, tổ chức lực lượng bảo vệ được bố trí những nơi trọng yếu, có đa dạng sinh học cao và nơi nhạy cảm về các tác hại đối với Tài nguyên – Môi trường trong đó có tác hại từ con người.
